やっとこのテーマでShadowboxが使えました。
一時はあきらめかけたけど、ちょっと時間置いて考えたら結構単純な事なんやないかと、ふと気付きました。
要はこのテーマには Shadowbox-js.php を呼び出すタグが入ってませんでした。
トップページのソースを見ていたら…無い！
そりゃ動かないのは当たり前です。
そこで使用しているテーマのfooter.phpの
</body>の直前に、
<?php wp_footer(); ?>って入れてあげるときちんと実行してくれます。
この記述がないとタグの自動挿入が働かないということです。
結構<?php wp_footer(); ?>がないテーマもあるようで
それが原因でプラグインが作動しないこともあるそうです。
もしご利用のテーマでプラグインが作動しない場合はfooter.phpを疑ってみてください。