通常のカスタムフィールドを使いたいときには
<pre class="lang:default decode:true"><?php echo get_post_meta($post->ID, 'hoge', TRUE); ?>で出力できます。
ただ、このやり方を使ってカスタムフィールドにショートコードをそのまま入れてもただのショートコードの文字列が表示されるだけです。
カスタムフィールドのショートコードを実行させるには apply filters を使います。
<pre class="lang:default decode:true"><?php echo apply_filters('the_content', get_post_meta($post->ID, 'hoge', true)); ?>あまり使う機会はないかもですが、覚えておくと便利。
参考：